Ύστερα από τη Συνοδευτική έκθεση, εκδηλώνεται στη Ζάκυνθο η φροντίδα για την ίδρυση ναού αφιερωμένου στον Άγιο Διονύσιο. Έτσι, την 1η Μαΐου 1708, ο Ευστάθιος Χρυσοβέργης παραχωρεί ένα σπίτι του (συνοικία Άμμου) σ’ αιώνια εδαφομονή, για 9 ρεάλια και μισή λίτρα κεριού, κάθε χρόνο, στους πατέρες της Μονής Στροφάδων, οι οποίοι, αφού το γκρέμισαν, έκτισαν εκεί εκκλησία στ’ όνομα του Αγίου Διονυσίου.

Κατά τη διάρκεια του νέου βενετοτουρκικού πολέμου (1715-1718), οι Επτανήσιοι έζησαν ακόμα μια φορά τον εφιάλτη των εχθρικών επιδρομών. Το καλοκαίρι του 1716, ο τουρκικός στόλος, με ναύαρχο τον Καπουδάν Χοδζά πασά, είχε σηκώσει άγκυρα για την εκπόρθηση της Κέρκυρας και των άλλων Ιονίων Νήσων. Από το πέλαγος, ο Καπετάν πασάς έστειλε γράμμα προς τους συνδίκους της Ζακύνθου «ότι αυτός μεν εκπλέει κατά Κέρκυρας, ην αφεύκτως θέλει υποτάξη εις τον ατρόμητον αυτού δύναμιν. Διο οι Ζακύνθιοι ώφειλον, προς αποφυγήν των δεινών, να υποταχθώσιν αυτώ, και δια πολλών πλουσίων δώρων προσφερομένων τω Μεγάλω Σουλτάνω θα τύχωσι συγχωρήσεως τη συνεργεία αυτού, και διατηρήσωσι, τα προνόμια της πόλεώς των παρά του Σουλτάνου. Εις εναντίαν δε περίπτωσιν, καθ? ην θέλει αρνηθώσι τας απαιτήσεις του, δια πυρός και μαχαίρας, θέλει εξολοθρεύσει αυτούς, και κατερημώσει τον τόπον των…». Οι σύνδικοι της Ζακύνθου απέρριψαν την ιταμή επιστολή και πήραν αποφάσεις από κοινού με τον Προβλεπτή για την καλύτερη οργάνωση της άμυνας του Κάστρου και των παραλιών. Η απειλή, ωστόσο, του Τούρκου ναυάρχου έγινε γνωστή από τη Ζάκυνθο στα Στροφάδια κι οι μοναχοί, έκρυψαν το ιερό Λείψανο του Αγίου, τις ιερές εικόνες και όσα πολύτιμα πράγματα είχαν, μέσα σε δύο σπηλιές. Στην πρώτη σπηλιά, έκρυψαν το ιερό Λείψανο και στη δεύτερη, την αρχαία θαυματουργή εικόνα της Παναγίας Παντοχαράς και άλλα πολύτιμα είδη του Μοναστηριού.


Ο τουρκικός στόλος πέρασε από τ’ ανοιχτά των Στροφάδων και της Ζακύνθου. Αρχές Ιουλίου 1716, έφθασε στην Κέρκυρα.

Η πολιορκία των Τούρκων απέτυχε οικτρότατα. Έλληνες και Βενετοί πολέμησαν ηρωικά κ’ έδειξαν αυταπάρνηση και γενναιότητα. Ωστόσο, η αποχώρηση των απίστων, από την περιοχή του Κάστρου της Κέρκυρας, έγινε ύστερ’ από θαύμα του μεγάλου και θαυματουργού Αγίου Σπυρίδωνος.

Ο Άγιος Σπυρίδων, ακόμα μια φορά, έδιωχνε από το Νησί των Φαιάκων το θανάσιμο κίνδυνο της τουρκικής απειλής και κατακτήσεως. Η οριστική κατατρόπωση και ντροπιασμένη φυγή από την Κέρκυρα του Καπετάν πασά, από θαύμα του Αγίου Σπυρίδωνος, ανάγκασε τον τουρκικό στόλο να επιστρέψει στην Κωνσταντινούπολη.

Ο πόλεμος, ωστόσο, εξακολουθούσε. Η Μεσόγειος έβραζε από πλοία και στο Ιόνιο έπεφτε βαριά η απειλητική σκιά των Αγαρηνών.


Τον Αύγουστο του 1717, ένα χρόνο ύστερ’ από την επαίσχυντη φυγή του Καπετάν πασά, τουρκικά πλοία, με αρχηγό τον αιμοδιψή πειρατή της Κάνκας Μουστή ή Μοστρίνο, αγκυροβόλησαν στο λιμάνι των Στροφάδων κι ελεηλάτησαν το Μοναστήρι. Ο πειρατής έπιασε τους μοναχούς, εκτός από τέσσαρες, που πρόφθασαν να κρυφθούν σε τρύπες της γης, και τους υπέβαλε σε φρικτά βασανιστήρια, για να μαρτυρήσουν τους κρυμμένους θησαυρούς του Μοναστηριού. Οι μοναχοί δε μπορούσαν ν’ ανθέξουν περισσότερο στα βασανιστήρια κι έδειξαν τις δύο σπηλιές. Ο Μοστρίνος διάταξε τότε να σκοτώσουν μερικούς μοναχούς και να κάψουν τα σώματά τους. Ύστερα, πήρε μαζί του πολλούς αιχμάλωτους πατέρες, την εικόνα της Παναγίας και τους άλλους θησαυρούς του Μοναστηριού. Ανάμεσα στους Τούρκους, ήταν και τέσσαρες Χριστιανοί, αιχμάλωτοι πιθανότατα, οι οποίοι έκοψαν τα χέρια του Αγίου από ευλάβεια και τα έκαμαν «εις τέσσαρα μέρη δι’ αγιασμόν των». Αλλη πηγή, ωστόσο, αναφέρει, ότι τα χέρια του Αγίου τα έκοψαν οι Αγαρηνοί. Όταν ήταν έτοιμοι να φύγουν, οι άπιστοι ληστοπειρατές εσήκωσαν το υπόλοιπο ιερό Λείψανο και το έβαλαν πάνω σ’ ένα βαρέλι με πυρίτιδα, βάζοντας ολόγυρα φωτιά. Όμως ο Αγιος Διονύσιος έκαμε το θαύμα του και το μπαρούτι δεν έπιασε φωτιά κ’ έτσι το βαρέλι δεν ανατινάχθηκε.


Η λεηλασία του Μοναστηριού των Στροφάδων και η διάσωση του ιερού Λειψάνου αναφέρονται σ’ ένα πολύτιμο χρονικό ανώνυμου μοναχού της εποχής εκείνης, που έφερε στο φως ο Αρχιεπίσκοπος Νικόλαος Κατραμής: «1717. Αυγούστου 19, ημέρα Δευτέρα ηχμαλώτισαν το μοναστήρι μας τα Στροφάδια ο Θεοκατάρατος Μουστής με δέκα γαλιώταις και επήραν όλα τα ιερά σκεύη, το αρμαμέντο, και την Παναγίαν και όλα μας τα μπαστιμέντα και έκοψαν τα χέρια του Αγίου και τα επήραν^ και το επίλοιπον άγιον λείψανον το έβαλαν απάνου ενού βαρελιού μπαρούτη και έκαμε θαύμα ο άγιος και δεν έπιασε φωτία και εφυλάκτη και το έχομεν τη σήμερον εις τη Ζάκυνθον. Επήραν και σκλάβους πατέρες είκοσι με τέσσερους ιερομόναχους. Ήτανε ηγούμενος ετότες Γεράσιμος Κάπαρης και ήτον εις την Ζάκυνθον και εις τα 23 του αυτού ήφερε τον άγιον η Κορβέττα εις την Ζάκυνθον με τους λοιπούς Καλογέρους, όπου εκρύφτηκαν και δεν αιχμαλωτίσθηκαν. Το πώς εμπήκαν μέσα (οι επιδρομείς) είναι τούτο. Αρμπούρισαν παντιέρα άσπρη και ήρθαν οι Καπετανέοι έξω με δόλο, με το καλό εμπήκαν μέσα στο Μοναστήρι και έπιασαν την πόρτα, και έτζι εγελάστηκαν (οι μοναχοί)».

Όταν έφυγε η τουρκική μοίρα από τα Στροφάδια, ο Μοστρίνος στοχάστηκε ότι θα μπορούσε να πωλήση τα τεμάχια των χεριών του Αγίου Διονυσίου. Έτσι, τα πήρε από τους τέσσαρες Χριστιανούς (ή από τους Αγαρηνούς) και «διερχόμενος από τη Χίον τα επώλησε εις τον τότε Αρχιερέα αυτής Αγαθάγγελον και ένα ευλαβή μοναχόν ονομαζόμενον Ακάκιον, οίτινες δια την πρέπουσαν ευλάβειαν τα έστειλαν εις το μοναστήριον των Στροφάδων. Τη δε εικόνα της Παρθένου Μαρίας επώλησεν εις την Πάτμον^ την ηγόρασαν δε δύο αδελφοί άρχοντες Πατμιώται Ηλίας και Θεόδωρος, οίτινες έπεμψαν αυτήν εις τας Στροφάδας…».

Όπως προκύπτει από επίσημο έγγραφο του Μητροπολίτη Χίου, Δανιήλ, της 1 Ιουλίου 1718, το αριστερό χέρι του Αγίου Διονυσίου στάλθηκε από τη Χίο στο Μοναστήρι της Παναχράντου της Ανδρου.


Την επομένη της λεηλασίας, οι πατέρες που γλίτωσαν, είδαν να περνά έξω από τα Στροφάδια μια βενετσιάνικη κορβέτα. Οι μοναχοί έκαμαν σινιάλα, ζητώντας βοήθεια. Ο πλοίαρχος κατάλαβε ότι συμβαίνει κάτι φοβερό, άλλαξε πορεία κι άραξε στο λιμάνι των Στροφάδων. Πλοίαρχος της κορβέτας ήταν ο Δαλματός Ιωάννης Μπάλοβιτς, άνθρωπος του θεού. Όταν έμαθε τα συμβάντα και είδε το τρομακτικό θέαμα της λεηλασίας και καταστροφής, μετέφερε, με βαθύτατη ευλάβεια και ταπείνωση, το ιερό Λείψανο στην ιδιαίτερη καμπίνα του. Ύστερα, πήρε μαζί του στο πλοίο τους πατέρες του Μοναστηριού. Αμέσως, σήκωσε άγκυρα κ’ έβαλε πλώρη για τη Ζάκυνθο. Λίγες ώρες αργότερα η κορβέτα του Μπάλοβιτς άραξε στο μώλο του Αγίου Νικολάου, κοιμίζοντας για πάντα στη Ζάκυνθο το μεγαλύτερο θησαυρό της.