Όπως είναι γνωστό, από τα πρώτα χρόνια του 13ου αιώνα, είχαν καταλυθεί από τους φράγκους δυνάστες της Ανατολής οι ορθόδοξοι αρχιερατικοί θρόνοι της Κεφαλονιάς και της Ζακύνθου. Στα μέσα περίπου του 15ου αιώνα, επί Λεονάρδου Β΄ Τόκκου, διορίσθηκε κοινός ορθόδοξος επίσκοπος Κεφαλονιάς, Ζακύνθου, Ιθάκης και Στροφάδων ο Γεράσιμος Λοβέρδος και, συγχρόνως, θεσπίστηκε να εκλέγει πάντα τον Επίσκοπο, με τη συμμετοχή υποψηφίων Ιθακησίων, Κεφαλλήνων και Ζακυνθίων, αποκλειστικά και μόνο ο κεφαλληνιακός κλήρος. Είναι άγνωστο γιατί ο Λεονάρδος Β΄ Τόκκος ή οι διάδοχοί του έδωσαν στον κεφαλληνιακό κλήρο το χαριστικό αυτό προνόμιο. Από τότε ο κεφαλληνιακός κλήρος, από αίσθημα τοπικισμού, απέκλεισε τους άξιους του αξιώματος Ζακυνθινούς ιερωμένους (Ιθακήσιοι ποτέ δεν υπέβαλαν υποψηφιότητα) και εξέλεγε Κεφαλλήνιους επισκόπους. Ύστερ’ από την εκλογή και την έκδοση της πατριαρχικής άδειας, ακολουθούσε η χειροτονία του επισκόπου, από το μητροπολίτη Κορίνθου. Έτσι, η κοινή, πλέον, επισκοπική έδρα Κεφαλονιάς και Ζακύνθου εξακολούθησε να υπάγεται στο μητροπολίτη Κορίνθου, σύμφωνα με την αναγνωρισμένη από παλιότερα ορθόδοξη εκκλησιαστική θεσμοθεσία. Η δικαιοδοσία, όμως, του κεφαλληνιακού κλήρου επί του ζακυνθινού, όπως επέβαλλαν οι τύποι και τα προνόμια – θεσπίσματα των άλλοτε κυριάρχων φράγκων, έγινε απαρχή εκκλησιαστικών διενέξεων των δύο Νησιών.

Όταν οι Βενετοί έγιναν κύριοι της ερημωμένης σχεδόν Ζακύνθου (1485) κι ακόμα στα πρώτα χρόνια του 16ου αιώνα, εξ αιτίας του αποικισμού και της ακαταστασίας των καιρών, είχε αμεληθεί από τους εγκατοίκους η ανάγκη της επανιδρύσεως του ορθόδοξου τοπικού επισκοπικού θρόνου. Οι κάτοικοι, στα δύσκολα εκείνα χρόνια, έχτιζαν σπίτια ή ξεχέρσωναν χωράφια για την επαναφορά ομαλών συνθηκών κάποιας κοινωνικής ζωής. Η Βενετία, ωστόσο, έδωσε το δικαίωμα της εκλογής ορθοδόξου αρχιερέα (πρωτοπαπά) για την προσωρινή διοίκηση των εκκλησιαστικών πραγμάτων. Ο πρωτοπαπάς κανόνιζε γάμους, επέτρεπε αφορισμούς, έκρινε υποθέσεις εκκλησιαστικές κλπ, εκτός από τη χειροτονία ιερωμένων. Οι υποψήφιοι έπρεπε να πηγαίνουν στην Κεφαλονιά και να χειροτονούνται από τον ορθόδοξο επίσκοπο Κεφαλονιάς και Ζακύνθου. Ο πρωτοπαπάς της Ζακύνθου εκλεγόταν από τον ορθόδοξο επίσκοπο των δύο Νησιών μέχρι του 1601, οπότε αποφασίστηκε να διορίζεται κάθε πενταετία, ύστερ’ από ψηφοφορία του Συμβουλίου Ζακύνθου. Η Κοινότητα Ζακύνθου, που είχε προκαλέσει την απόφαση της Γερουσίας, είχε ζητήσει, με πρεσβεία σταλμένη στη Βενετία, να γίνεται η εκλογή τού πρωτοπαπά από τον εγχώριο κλήρο του Νησιού. Η Βενετία, όμως, απέρριψε την αίτηση της Κοινότητας Ζακύνθου, γιατί δεν ήθελε ποτέ ν’ αποκτήσει αυτοτέλεια ή ανεξαρτησία η Ορθόδοξη Εκκλησία των υπηκόων της. Είναι αλήθεια ότι η Βενετία είχε παραχωρήσει ορισμένες ελευθερίες ή προνόμια στον ορθόδοξο κλήρο της Επτανήσου. Η Ορθοδοξία των Ιονίων Νήσων δεν έπαθε από τους Βενετούς όσα επί των Σταυροφόρων και Φράγκων δυναστών της Ανατολής. Η σύγκριση στην Ιστορία είναι απαραίτητη προϋπόθεση αντικειμενικότητας και δικαιοσύνης. Η Βενετία, στις οξύτατες αντιδικίες ορθοδόξων και καθολικών, έδειχνε ιδιαίτερη εύνοια στους Έλληνες κι έφθανε μέχρι του σημείου να θεωρείται ότι αντιμάχεται την Καθολική Εκκλησία. Ύψιστα συμφέροντα της Βενετίας υπαγόρευαν την υποχρεωτική αυτή πολιτική. Έβλεπε και θαύμαζε τους Έλληνες, από τα 1475, να ρίχνονται, μ’ όλη τους την καρδιά, στους Τουρκοενετικούς πολέμους, υποστηρίζοντας με αυταπάρνηση τη σημαία του Αγίου Μάρκου. Η Βενετία καλλιεργούσε τα εθνικά ιδεώδη των Ελλήνων εναντίον ενός κοινού εχθρού. Η ιστορία των Τουρκοενετικών πολέμων έχει να δείξει πολλούς ήρωες Επτανήσιους στη στεριά και το πέλαγος. Αυτούς τους γενναίους πολεμιστές είχε ανάγκη πάντα η Βενετία στους ατελείωτους πολέμους της. Και σε πολλές περιπτώσεις, ήθελε να φαίνεται απέναντί τους ευνοϊκή και πρόθυμη. Ωστόσο, οι εκκλησιαστικές ελευθερίες, που παραχωρούσε η Βενετία στους Επτανήσιους, ήταν πάντα καλοζυγισμένες, στα μέτρα της δικής της αποικιακής πολιτικής.

Οι ανωμαλίες, οι προστριβές και οι ταραχές στα εκκλησιαστικά πράγματα της Κεφαλονιάς και της Ζακύνθου είχαν δημιουργήσει αληθινό αδιέξοδο σε όλους. Ο επίσκοπος υπέβλεπε τον πρωτοπαπά και ο πρωτοπαπάς τον επίσκοπο. Αγανακτούσε ή απειθούσε ο πρωτοπαπάς και το ιερατείο της Ζακύνθου στις διαταγές των Τόκκων για τα χαριστικά δικαιώματα του επισκόπου. Αντιδρούσε ο επίσκοπος, από λόγους οικονομικούς ή γοήτρου, όταν ορθόδοξοι αρχιερείς, έστω και αχρημάτιστα ή με πατριαρχικό διορισμό, εξασκούσαν στη Ζάκυνθο χρέη επισκοπικά, και κατέφυγε στην επέμβαση της Βενετίας. Οι αντιθέσεις και διαφορές έφθαναν ως το Δόγη, ο οποίος απέρριπτε αδιάκοπα τα δίκαια αιτήματα της Ζακύνθου για ουσιαστική ισότητα και δικαιοσύνη στην εκκλησιαστική αυτή διένεξη.

Εν’ από τα σημαντικότερα επεισόδια της διενέξεως αυτής ήταν η χειροτονία του Ζακυνθινού Παχωμίου Μακρή (1557) ως επισκόπου Κεφαλονιάς και Ζακύνθου, από το μητροπολίτη Κορίνθου, χωρίς προηγούμενη ψηφοφορία του κλήρου της Κεφαλονιάς. Αγανακτισμένη, ξεσηκώθηκε τότε η Κοινότητα της Κεφαλονιάς και διαμαρτυρήθηκε στο Δόγη της Βενετίας για την παράνομη εκλογή, που αγνοούσε τη διαδικασία του καθεστώτος των Δε Τόκκων. Ακόμα και ο πρωτοπαπάς της Ζακύνθου ήλθε αντιμέτωπος με τον συμπολίτη του επίσκοπο, διαμαρτυρόμενος εντονότατα, επειδή έχανε τα δικαιώματα του αξιώματός του! Αντιπρόσωποι και πρεσβείες της Κεφαλονιάς και της Ζακύνθου έφθαναν άλλη μια φορά στη Βενετία, για την επίλυση της εκκλησιαστική αυτής διαφοράς. Η Βενετσιάνικη Γερουσία, με θέσπισμά της από 8 Φεβρουαρίου 1558, χωρίς ν’ ακυρώσει την εκλογή του επισκόπου Μακρή, έστειλε αυστηρή διαταγή στο μητροπολίτη Κορίνθου, να μη χειροτονεί πια παρά μονάχα τον εκλεκτό του κλήρου της Κεφαλονιάς, χωρίς, όμως, να αποκλείονται σαν υποψήφιοι οι κληρικοί της Ζακύνθου. Η Κοινότητα Ζακύνθου είχε ζητήσει τότε (1558) από τη Βενετσιάνικη Γερουσία να εκλέγει ο Ζακυνθινός κλήρος δικό του επίσκοπο, αλλά η αίτηση αυτή δεν έγινε δεκτή.

Ύστερ’ από το θάνατο του Αρχιεπισκόπου Κεφαλονιάς και Ζακύνθου Φιλοθέου Λοβέρδου (1581), οι συμπολίτες του Ιεράρχη Διονυσίου τον προέτρεψαν να βάλει υποψηφιότητα για τη χηρεύουσα μητροπολιτική έδρα. Ο Ιεράρχης αρνήθηκε αρχικά^ ωστόσο, υποχρεώθηκε να δώσει τη συγκατάθεσή του, ύστερ’ από επίμονες θερμές παρακλήσεις των κληρικών και κατοίκων της Ζακύνθου, που ήθελαν να ιδούν κι αυτοί Αρχιεπίσκοπο της κοινής μητροπολιτικής έδρας ένα συμπολίτη τους και, μάλιστα, το φημισμένο για τις αρετές του πρώην Ιεράρχη της Αίγινας.

Όταν διατάχθηκε η εκλογή του νέου Αρχιεπισκόπου Κεφαλονιάς και Ζακύνθου, ο Ιεράρχης Διονύσιος όρισε ως επίτροπό του το λόγιο συμπολίτη, επιστήθιο φίλο και συμμοναστή του, Σωφρόνιο Κατηλάνο, ο οποίος πήγε στην Κεφαλονιά και πρότεινε την υποψηφιότητα του Διονυσίου Σιγούρου, με τις εξής υποσχέσεις, αν εκλεγόταν: α) Κανένα δικαίωμα δεν θα έπαιρνε από τους ιερωμένους, όπως έκαναν ως τότε οι επίσκοποι, β) Θα χειροτονούσε χωρίς καμμιάν αμοιβή, γ) Θα έμενε οχτώ μήνες του χρόνου στην Κεφαλονιά και τέσσαρες στη Ζάκυνθο, και δ) Θα έδινε τριακόσια δουκάτα για την ανοικοδόμηση της επισκοπής. Ο Σωφρόνιος Κατηλάνος υπέβαλε την έγγραφη αναφορά για την υποψηφιότητα του Ιεράρχη Διονυσίου, στο ιερατείο και τους Συνδίκους της Κεφαλονιάς, την 25 Ιουλίου 1582. Στην εκλογή εκείνη, υποψήφιος ήταν και ο λόγιος ιερωμένος Νεκτάριος Μακρής.

Ο τοπικισμός, όμως, του κλήρου της Κεφαλονιάς αδιαφόρησε για όλα: Εψήφισε ως επίσκοπο ένα νεαρό στην ηλικία Ληξουριώτη, το Νεόφυτο Κολοκυθά. Η απόφαση αυτή επισφράγιζε οριστικά το γεγονός ότι ο κλήρος της Κεφαλονιάς δεν ήθελε ν’ ανέβει στο Θρόνο επίσκοπος Ζακυνθινός! Έτσι, ερεθίστηκε ακόμη περισσότερο το αίσθημα και η αγανάκτηση των Ζακυνθινών, που έστειλαν αμέσως νέα πρεσβεία στο Δόγη της Βενετίας, καταγγέλλοντας τις αδικίες του κλήρου της Κεφαλονιάς. Ανάμεσα στ’ άλλα, η Κοινότητα Ζακύνθου ζητούσε να μεταρρυθμιστεί ο ρόλος της εκλογής για την ανάδειξη του ποιμενάρχη: Η εκλογική συνέλευση ν’ αποτελείται από ισάριθμους κληρικούς των δυο νησιών και η ψηφοφορία να γίνεται όχι μόνο στην Κεφαλονιά, αλλά και στη Ζάκυνθο, για να διατηρείται πάντα η ισότητα. Ο τότε Δόγης Πασχαλίγος Τσικόνιας, με τη συνηθισμένη φρασεολογία της Βενετίας, αναγνώρισε, σε ψήφισμα της 13 Δεκεμβρίου 1591, ως ορθά και δίκαια τα παράπονα των Ζακυνθινών και υποσχέθηκε να γράψει στον Προβλεπτή της Κεφαλονιάς «όπως διατηρώνται άπαντα τα υπό της ημετέρας αυθεντίας προαποφασισθέντα περί της εκλογής επισκόπων εκείνων των πόλεων». Αυτή η αργοπορημένη απάντηση ήταν όλο κι όλο το αποτέλεσμα της διαμαρτυρίας της Κοινότητας Ζακύνθου. Οι διενέξεις, ωστόσο, των δύο Κοινοτήτων, Κεφαλονιάς και Ζακύνθου, εξακολούθησαν και στα μεταγενέστερα χρόνια.